人類の暮らす地下施設「アーク」の指揮官である“あなた”とその仲間たちは、カルト教団 「救いの聖火」の周辺で起きている連続失踪事件を捜査するため、教団の屋敷を訪れた。そこで出会ったのは恐ろしい惨劇の跡、そして“ラクーンシティ”という聞いたことのない街から来たと話す、エイダ、ジル、クレアと名乗る者たちだった……。