初代の資料館案内人だった根古田さんが実家に呼び戻され、かわりにやってきた妹の根古田みいさんが、資料館の謎の通路で見つけた「山下啓次郎の日記」。

そこには資料館の設計者、山下啓次郎からの大切なメッセージが書かれていたらしいのですが…。

いたずらっ子たちにいたずらされた日記の謎を解いて、山下啓次郎さんからのメッセージを受け取るため、根古田みいさんと協力して、謎ときに挑戦して…