ある日オリガミ博士からの一通の手紙が届いた。

「キミに手伝ってほしいことがあるんじゃ」

三宮駅で待っていたのは、博士の助手、ちよ。
あなたは彼女と謎を解くため、神戸の街を駆け巡る！

手元には一冊のノートと、数枚の折り紙。
でもその折り紙、どうやら──動く！？しゃべる！？飛ぶ！？

仲間とともに、あなたとちよは博士の残した謎の真相を暴…